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課程名稱 |
環境微生物資料分析
Data Analysis for Environmental Microbiology |
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開課學期 |
110-2 |
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授課對象 |
生物環境系統工程學研究所 |
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授課教師 |
蕭友晉 |
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課號 |
BSE5180 |
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課程識別碼 |
622 U3210 |
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班次 |
01 |
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學分 |
3.0 |
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全/半年 |
半年 |
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必/選修 |
選修 |
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上課時間 |
星期一7,8,9(14:20~17:20) |
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上課地點 |
農工金城 |
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備註 |
上課地點:農工金城
總人數上限：25人 |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
本課程尚未建立核心能力關連 |
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課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
結合分子生物技術進行環境微生物生態研究，在近年來發展極為快速。然而透過相關的資訊與數據分析技巧千變萬化。因此本課程期望能透過實作的方式，引導學生了解相關分析方式如何進行，以便學生在未來碩士班研究過程能更熟悉數據處理的方法。 |
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課程目標 |
本課程預計透過一個學期的時間，介紹如何實際從實驗所取得之微生物序列定序資料，進行必要的分析處理，以得到論文研究或學術發表所需要之數據結果。 |
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課程要求 |
本課程主要為介紹環境微生物實驗所得結果之資料分析，因此修課的同學需具備微生物相關領域的知識與分子生物實驗的相關經驗。另本門課需要撰寫程式指令，因此若有些許程式設計的經驗(語言不限)，在學期間進行數據處理的練習過程較容易上手。同時，本門課將結合相關統計方法進行數據的解析，因此修課同學建議要有基本的統計基礎。 |
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預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
待補 |
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參考書目 |
課程講義 |
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評量方式
(僅供參考) |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
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第1週 |
2/14 |
Introduction |
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第2週 |
2/21 |
Basic processes for NGS data |
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第3週 |
2/28 |
16S metagenomic classification |
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第4週 |
3/07 |
Functional genes classification |
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第5週 |
3/14 |
Relative abundance charts |
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第6週 |
3/21 |
Relative and absolute abundance charts |
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第7週 |
3/28 |
OTUs calculations |
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第8週 |
4/04 |
Mid-term week |
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第9週 |
4/11 |
Phylogenetic tree |
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第10週 |
4/18 |
Phylogenetic tree |
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第11週 |
4/25 |
Phylogenetic tree |
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第12週 |
5/02 |
Heat map |
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第13週 |
5/09 |
Co-occurrence networks |
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第14週 |
5/16 |
NMDS, PCA, CCA and RDA |
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第15週 |
5/23 |
NMDS, PCA, CCA and RDA |
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第16週 |
5/30 |
Final-exam week |
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